Die Ausstellung „Im Herzen der Kirche“ (Nel cuore della chiesa) zeigt die Ergebnisse der archäologischen Untersuchungen, die im Zuge der architektonischen Restauration und des Wiederaufbaus des Gebäudes nach dem Erdbeben durchgeführt wurden. Der Besucher erhält grundlegende, in chronologischer Reihenfolge präsentierte Informationen über die Geschichte des sakralen Bauwerks.

Neben den erhaltenen Resten ist auch das Skelett des letzten mittelalterlichen „Bewohners“ des Grabes zu sehen: Interessant ist die Entdeckung, dass direkt über dem Überbleibsel der „privilegierten“ Grabstätte aus der spätrömischen Zeit zu einem späteren Zeitpunkt ein Turm errichtet wurde.

Im Laufe des 12. Jahrhunderts wurde die Kirche erweitert und auf der Ostseite mit drei habkreisförmigen Apsiden versehen. Höchstwahrscheinlich wurden diese Arbeiten von den Benediktinermönchen durchgeführt. Entlang der südlichen Außenmauer und östlich der zentralen Apsis der Kirche wurden 28.000 Fragmente von Fresken gefunden: Hierbei handelt es sich um die Reste der Wanddekoration des Gebäudes, die in verschiedenen Epochen angefertigt wurde.

Gegen Ende des 15. Jahrhunderts wurde die Kirche mit den drei Apsiden zerstört und durch eine neue dreischiffige Kirche mit polygonaler Apsis ersetzt. Der neue Bau hatte auch einen massiven Glockenturm. Der letzte große Umbau erfolgte 1777.