Il Museo Renato Raffaelli ospita la raccolta di opere non più utilizzate nelle liturgie e già esposte, prima del terremoto del 1976, nella Pinacoteca Antoniana, istituita nel 1968 per la conservazione e la valorizzazione del patrimonio artistico e storico del Santuario.

Il Museo è dedicato al gemonese Renato Raffaelli, benefattore e sostenitore delle iniziative culturali del Convento francescano.

Numerose tele esposte sono di Melchior Widmar, pittore svizzero attivo a Gemona nella seconda metà del sec. XVII.

Nella seconda sala sono esposte le opere che provengono dall’ex Convento capodistriano di Sant’Anna, appartenente un tempo alla Provincia Veneta dell’Ordine dei Frati Minori. Non mancano, opere di pregio come i dodici dipinti che illustrano prodigi e miracoli del Santo Taumaturgo. Nella quinta sala insieme con un gruppo di opere del Santuario, la sala accoglie altri dipinti del Convento di Sant’Anna di Capodistria tra cui quattro lavori di autori anonimi di scuola veneta.

Concludono il percorso alcune “reliquie” del Santuario: si tratta di gessi settecenteschi, putti con stemma gentilizio e testa di Santo, forse Sant’Antonio, e frammenti di iscrizione,  salvati dopo i crolli del 1976.